L'e-facturation obligatoire pour les ESSMS ?

La réforme de la facturation électronique constitue l’un des plus importants chantiers administratifs et comptables engagés en France depuis la généralisation de la déclaration sociale nominative (DSN).

À partir du premier septembre 2026, l’ensemble des structures établies en France assujetties à la TVA devront progressivement être capables de recevoir, puis d’émettre, des factures électroniques selon un format normé. Cette réforme concerne les établissements sociaux et médico-sociaux (ESMS), qu’ils soient associatifs, publics ou privés lucratifs, dès lors qu’ils sont assujettis à la TVA.

Il est à noter que l’obligation est en vigueur depuis 2020 pour toutes les structures, dont les ESMS, de facturer via Chorus Pro les entités publiques (ARS, conseils départementaux, hôpitaux publics…)

Comprendre la réforme : e-invoicing et e-reporting

La réforme repose sur deux mécanismes distincts, mais complémentaires : la facturation électronique proprement dite ou e-invoicing et la transmission de données ou e-reporting.

L’e-invoicing pour les structures assujetties à la TVA établies en France

L’e-invoicing correspond à l’obligation d’émettre, transmettre et recevoir des factures électroniques structurées entre entreprises assujetties à la TVA établies en France (B2B domestique). Une simple facture PDF envoyée par e-mail ne sera plus considérée comme une facture électronique conforme.

Les factures devront transiter par une plateforme de dématérialisation partenaire agréée par l’État. Le portail public de facturation (PFP) tient un annuaire central recensant les plateformes agréées (PA).

Afin d’assurer l’interopérabilité des flux, les PA et le PFP doivent pouvoir transmettre ou recevoir les factures électroniques selon un des formats donnés par l’arrêté du 07/10/2022 relatif à la généralisation de la facturation électronique :

• Factur-X (format hybride de facture électronique combinant un PDF conforme à la norme PDF/A-3 lisible par l’humain et un fichier XML structuré exploitable par les logiciels comptables) ;
• UBL (Universal Business Language) ;
• CII (Cross Industry Invoice).

Les factures devront faire figurer des mentions obligatoires, dont certaines ne l’étaient pas jusque-là :

• date d’émission de la facture ;
• catégorie de l’opération : livraison de biens, prestation de services, ou les deux ;
• numéro SIREN du client (et non plus seulement son nom) ;
• adresse de livraison complète, si différente de l’adresse de facturation ;

statut TVA de l’acheteur (assujetti ou non) ;

• option pour le paiement de la TVA sur les débits, lorsque le prestataire a opté pour celui-ci.

L’e-reporting pour des données de transactions et de paiement hors e-invoicing

L’e-reporting concerne l’obligation de transmission à l’administration fiscale des données pour des transactions qui ne relèvent pas de l’e-invoicing. Il concerne des données relatives aux transactions dans le cas notamment d’opérations :

• de vente ou de prestation de services avec des non assujettis, comme les particuliers (B2C) ;
• avec des acteurs établis à l’étranger,

ainsi que des données de paiement ou d’encaissement pour les opérations :

• dont la TVA est exigible à l’encaissement.

Les ESMS et les établissements de santé sont-ils concernés ?

Selon le Code général des impôts, les soins dispensés aux personnes par les membres des professions médicales et paramédicales réglementaires sont exonérées de la TVA en régime interne (article 261-4-1°). De même pour les opérations faites au bénéfice de toutes personnes par des établissements sans but lucratif et qui présentent un caractère social (article 261-7-1°b).

Pour autant, les exonérations de TVA applicables à certaines activités médico-sociales n’excluent pas systématiquement les établissements du champ de la réforme. En effet, la notion clé est celle « d’assujetti à la TVA », et non celle de « redevable de la TVA ». Un assujetti à la TVA est une personne ou une entreprise qui exerce une activité économique indépendante, tandis qu’un redevable est un assujetti qui doit effectivement collecter et reverser la TVA à l’État.

Ainsi, un organisme peut être exonéré de TVA sur tout ou partie de ses activités ou en franchise en base, mais néanmoins assujetti à la TVA.

Les ESSMS entrent donc dans le périmètre de la réforme dès qu’ils réalisent des achats auprès de fournisseurs, facturent des prestations annexes, disposent d’activités mixtes ou exploitent des services commerciaux accessoires.

Cartographie des structures médico-sociales par rapport à l’e-facturation et à l’e-reporting

Le calendrier de la réforme de l’e-facturation

Deux dates majeures doivent être retenues, séparées d’un an.

1er septembre 2026 : réception obligatoire pour tous, émission pour les plus gros

À compter du 1er septembre 2026 :

• toutes les structures assujetties à la TVA, y compris les plus petites, devront être capables de recevoir des factures électroniques ;
• les grandes entreprises et celles de taille intermédiaire (ETI) devront également émettre leurs factures obligatoirement sous forme électronique (e-invoicing) et réaliser l’e-reporting.

*ETI : entreprise ayant entre 250 et 4 999 salariés, avec un chiffre d’affaires annuel inférieur à 1,5 milliard d’euros ou un total au bilan inférieur à 2 milliards d’euros.

1er septembre 2027 : généralisation de l’émission des e-factures à tous les assujettis

À compter du 1er septembre 2027 :

• les petites et moyennes entreprises (PME),
• les très petites entreprises (TPE),
• les microstructures

devront à leur tour émettre leurs factures électroniques et effectuer l’ee-reporting.

D’une contrainte réglementaire en opportunité modernisation de la gestion financière

La réforme de la facturation électronique dépasse largement une simple évolution technique. Elle constitue un projet structurant qui touche à la comptabilité, aux systèmes d’information, au contrôle interne et à l’organisation administrative.

Les échéances de septembre 2026 et de septembre 2027 imposent d’anticiper les choix techniques et organisationnels. Les établissements sociaux et médico-sociaux ont donc intérêt à engager dès maintenant leur mise en conformité en :

• vérifiant le statut TVA de chaque activité ;
• cartographiant les flux de facturation des personnes accompagnées et des fournisseurs ;
• identifiant les logiciels concernés et les éventuelles modifications à apporter ;
• choisissant une plateforme agréée lorsque ce n’est pas intégré dans le logiciel de facturation ;
• formant les équipes administratives et comptables.

Dans le cadre de la réforme de l’e-facturation, les logiciels de comptabilité, d’achats et de facturation devront être compatibles avec les formats électroniques réglementaires et les plateformes de dépôts agrées. Aussi, les outils historiques développés spécifiquement par certains ESSMS devront parfois être remplacés ou fortement adaptés.

DirIgami Facturation, le logiciel de facturation de Dir IPS spécialisé pour les ESSMS, est déjà interopérable avec Chorus Pro pour la facturation des entités publiques. Les mises à jour se préparent pour une conformité totale avec l’e-facturation voulue par la réforme.

La réforme permettra une réduction de la saisie manuelle avec un gain de temps et une diminution des erreurs. Elle devrait entraîner une amélioration du rapprochement comptable et une accélération du traitement des factures fournisseurs. Pour les organismes gestionnaires regroupant plusieurs dizaines d’établissements, les gains de productivité pourront être importants.

Cette réforme entraînera également au niveau des établissements un renforcement du contrôle interne avec une qualité accrue des référentiels fournisseurs et de l’archivage légal, une gouvernance documentaire plus stricte, ainsi que des circuits de validation et des habilitations sécurisés.

Les structures qui prépareront tôt la transition pourront donc transformer une contrainte réglementaire en opportunité d’automatisation et de modernisation de leur gestion financière.

Par Dir IPS, le 4 juin 2026